Bukti bahawa Mesir mempunyai tuhan tercatat dalam Tempoh Dinasti Awal (s. 3100–2686 SM).[9] Ia tentu muncul dalam zaman sebelum itu, dalam Tempoh Pradinasti (sebelum 3100 SM) dan dikembangkan daripada kepercayaan prasejarah. Seni-seni dari Tempoh Pradinasti menggambarkan pelbagai watak haiwan dan manusia. Sesetengah daripadanya, seperti bintang dan lembu, agak mirip dengan yang terdapat dalam agama Mesir yang terkemudian tetapi dalam kebanyakan kes, imej-imej tersebut tidak dapat dikaitkan dengan tuhan-tuhan mereka kerana kekurangan bukit. Semakin masyarakat Mesir maju, aktiviti-aktiviti agama menjadi semakin ketara.[2] Kuil-kuil yang terawal timbul dalam abad-abad terkahir era pradinasti,[10] berserta imej-imej yang menyerupai ikonografi tuhan-tuhan yang diketahui: falkon yang melambangkan Horus dan beberapa dewa lain, anak panah bersilang yang melambangkan Neith,[11] dan binatang misteri "Set" yang melambangkan Set.[12]

Terdapat ramai teori yang diusulkan oleh pakar-pakar kaji purba Mesir dan ahli antropologi tentang bagaimana dewa-dewa ini berkembang pada awalnya.[13] Contohnya, Gustave Jéquier berpendapat bahawa orang Mesir dahulu pertamanya menyembah objek-objek pujaan, kemudian dewa dalam bentuk haiwan dan akhirnya tuhan dalam bentuk manusia, sementara Henri Frankfort berhujah bahawa dewa-dewa ini tentu digambarkan dengan rupa manusia sejak awal lagi.[11] Sesetengah teori begini sekarang dianggap terlalu mudah,[14] dan teori yang lebih kini, seperti hipotesis Siegfried Morenz bahawa tuhan-tuhan menjelma sebagai manusia kemudian membezakan diri mereka dan mempersonafikasikan persekitaran mereka, adalah sukar untuk dibuktikan.[11]

Pada asalnya, Mesir Pradinasti terdiri daripada kampung-kampung kecil dan berdiri sendiri.[14] Disebabkan banyak tuhan dalam zaman-zaman kemudian berkait dengan bandar-bandar dan kawasan khas, ramai pakar mengemukakan hujah bahawa kuil dewata Mesir terbentuk apabila komuniti-komuniti yang berbeza mula bergabung menjadi negeri-negeri yang lebih besar, menyebarkan dan menerima tuhan-tuhan tempatan lama. Ada juga yang berpendapat bahawa dewa-dewa pradinasti yang terutama dipuja di seluruh Mesir tanpa mengira sempadan, sama seperti unsur-unsur budaya Mesir yang lain.[9]

Langkah terakhir dalam pembentukan agama Mesir ialah penyatuan Mesir, iaitu apabila penguasa-penguasa dari Mesir Hulu menjadikan diri mereka sebagai firaun seluruh Mesir.[2] Raja-raja suci ini dan pegawai-pegawai mereka mula memegang hak untuk berinteraksi dengan para dewa,[11] dan perajaan menjadi perkara utama yang menyatukan agama mereka.[2]

Walaupun dengan perubahan ini, tuhan-tuhan baharu tetap diwujudkan. Beberapa tuhan penting seperti Isis dan Amun tidak dicatat kewujudan mereka sehinggalah Kerajaan Lama (s. 2686–2181 SM).[2] Mungkin tempat-tempat dan konsep-konsep baru telah mengilhamkan orang Mesir untuk mencipta seorang tuhan untuk mewakilinya,[5] dan tuhan-tuhan kadangkala dicipta untuk menjadi pasangan kepada dewa-dewi yang sedia ada.[2] Raja-raja juga dianggap sebagai dewa tetapi hanya segelintir sahaja yang terus disembah selepas mereka mangkat. Beberapa orang manusia yang bukan diraja dikatakan telah mendapat restu para dewa dan turut disanjungi.[15] Pemujaan mereka biasanya sekejap sahaja tetapi dua orang arkitek diraja Imhotep dan Amenhotep anak lelaki Hapu disembah sebagai dewa berkurun-kurun lamanya selepas mereka meninggal dunia,[15] sama seperti dengan beberapa pegawai-pegawai lain.[16]

Orang Mesir juga pernah menerima pakai tuhan-tuhan asing daripada tamadun-tamadun jiran. Dedun, yang namanya disebut buat pertama kalinya pada zaman Kerajaan Lama, mungkin berasal dari Nubia, danBaal, Anat dan Astarte, dan lain-lain, diambil daripada agama Kanaan semasa Kerajaan Baru (s. 1550–1070 SM).[13] Dalam zaman Yunani dan Rom, dari 332 SM ke awal abad pertama Masihi, tuhan-tuhan dari seberang Laut Mediterranean disembah di Mesir tetapi dewa-dewa tempatan masih dikekalkan, dan orang Mesir sering menyerap kultus-kultus orang asing untuk mereka sembah.[17]